Meltem Müftüler-Baç’ın ortak araştırmacı olarak katıldığı iki ayrı yeni proje Avrupa Komisyonu H2020 programında kabul edildi. Bu projeler, InDıvEU (2019-2022) Floransa’daki European University Institute tarafından koordine edilen AB ve ayrıştırılmış bütünleşme üzerine ve MAGYC (2019-2023) Liege Üniversitesi tarafından koordine edilen AB göç politikaları üzerine çalışmalar içermekte.
Müftüler-Baç, ayrıca iki H2020 projesine de halen Danışma Kurulu üyesi olarak katılmaktadır: FEUTURES (2016-2019)-Türkiye-AB ilişkileri ve EU-List (2018-2021) Avrupa dış politika yapımı. Müftüler-Baç’ın daha önce katıldığı AB projeleri ise sırası ile RECON (2006-2012), Transworld (2012-2015) ve MAXCAP (2013-2016)'tir.